以下の可能性が考えられます。

1.コントローラーが正しく接続されていない
レトロフリークからコントローラーを取り外し、端子部のホコリや汚れを取り除いてもう一度接続してください。

2.コントローラーが正しく登録されていない
メインメニューから［操作設定］→［コントローラーの登録］を選択し、プレイするゲームの機種とコントローラーの場所（プレイヤー1～5）を正しく登録し直してください。

正しくコントローラーを登録せずにゲームを起動した場合は、HOMEボタン（またはHOMEボタンに対応するショートカット操作）を押してホームメニューを呼び出し、メインメニューに戻ってコントローラーの登録を行ってください。

※メインメニュー、ゲームメニューはどのポートにコントローラーを接続しても呼び出し・操作が可能です。